1681. Apologia dos factos acontecidos entre os Terceiros de N. Senhora do Monte do Carmo da cidade de Marianna e os suppostos Terceiros da mesma Ordem de Vila Rica

1682. Apología del Instituto de los jesuitas [Manuscrito]

1683. Apología del Padre Antonio Vieira [S.I.] [Manuscrito]

1684. Apología del patronato de los reyes de España, relativo al derecho de presentar a las personas para ocupar los obispados [Manuscrito]

1685. Apologia das sciências : discurso

1686. Apología en defensa de esta Monarquía de la Casa de Austria: [Manuscrito] para desengaño de los potentados de Europa y satisfación de los políticos de estos tiempos

1687. Apología en defensa de la Monarquía y de la Casa de Austria, para desengaño de los potentados de Europa y satisfacción de los políticos de estos tiempos [Manuscrito]

1688. Apología en excusación y favor de las fábricas del Reino de Nápoles [Manuscrito]

1689. Apología en el pleito con la singular Compañía de Jesús, respondiendo a Pedro Avilés, su Provincial en esta Andalucía... [Manuscrito]

1690. Apología erudita de sus obras y otros papeles [Manuscrito]

1691. Apología mística en defensa de la contemplación [Manuscrito]

1692. Apología mística en defensa de la contemplación divina, contra algunos maestros escolásticos que se oponen a ella [Manuscrito]

1693. Apología mística y respuesta religiosa que presenta al supremo y sagrado Tribunal de la Santa Inquisición de España el general de la religión de los Carmelitas Descalzos, sobre... Subida del alma a Dios y entrada al paraíso espiritual, obra póstuma del padre José de Jesús María

1694. Apologia Pater Gabrielis Vazquez e Sosietate Jesu pro jurisdictione ecclesiastica contra magistratus saeculares in duas partes divisa [Manuscrito]

1695. Apología por la Historia de fray Gerundio de Campazas contra el papel intitulado Defensa del Barbadinho en obsequio de la verdad... [Manuscrito]

1696. Apología por la historia de fray Gerundio: cartas de su autor al Penitente del P. Marquina

1697. Apología por los ingleses insurgentes de la América [Manuscrito]

1698. Apología por la Mística ciudad de Dios, de María de Jesús de Ágreda [Manuscrito]

1699. Apología por sí y por su Madre, la universal Iglesia Católica [Manuscrito] : en el pleito contra la singular Compañía de Jesús, respondiendo a Pedro Avilés, su Provincial en esta Andalucía...

1700. Apología prima pro defensione Ecclesiae et Inmaculatae Conceptionis Beatae Mariae Virginis contra Bandelum et bandelizantes [Manuscrito]